LAMMPS安裝設定

LAMMPS是由桑迪亞國家實驗室開發的一套分子動力學模擬的開源程式，LAMMPS透過MPI實現多機平行運算。

下載：

透過LAMMPS官方網站下載：http://lammps.sandia.gov/download.html#tar

版本為LAMMPS-stable(17 Nov 2016)

解壓縮：

$ tar zxvf lammps-stable.tar.gz

修改Makefile.mpi：

切換到剛剛解開的資料夾

$ cd /lammps-17Nov16/src/MAKE

編輯 Makefile.mpi

$ vim Makefile.mpi

修改以下內容：

MPI_INC：MPI執行檔路徑

MPI_PATH：MPI library路徑

MPI_LIB：依照MPI library內檔名去設定讀取參數

.
.
.
.
.
# MPI library
# see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual
# MPI wrapper compiler/linker can provide this info
# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
# use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts
# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
# PATH = path for MPI library
# LIB = name of MPI library

MPI_INC = -I/usr/lib64/mpich/bin/ -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1
MPI_PATH = -L/usr/lib64/mpich/lib
MPI_LIB =  -lmpich -lmpl –lpthread
.
.
.
.
.

開始安裝LAMMPS：

$ cd /lammps-17Nov16/src

進行編譯

$ make cleam-all
$ make mpi

執行完成會產生一個可執行檔案 lmp_mpi

測試LAMMPS：

$ cd /lammps-17Nov16/examples/shear

將執行檔lmp_mpi複製到/lammps-17Nov16/examples/shear資料夾底下

開始計算lammps

$ mpirun -n 4 ./lmp_mpi <in.shear